Cuando llegó la disolución de la Compañía, tras la caída de Boromir, Merry y Pippin fueron tomados como rehenes por los orcos de Saruman, pero escaparon y fueron recogidos por Bárbol el Ent de Fangorn. Tras el reencuentro con Gandalf ayudaron a convencer a Bárbol para que tomara partido en la lucha contra Saruman, y participaron en la conquista de la torre de Orthanc. Allí se reunieron de nuevo con Aragorn, Gimli y Legolas y tras separase de Pippin se puso al servicio del rey Theoden de Rohan. 

Merry entonces siguió a los soldados de Rohan en secreto y junto con la doncella Eowyn mataron a uno de los Nazûl y a su montura alada en la Batalla de los Campos de Pelennor, lo que casi le cuesta la vida por el Hálito Negro de los Nazgûl. Pero aunque Aragorn le curó, tuvo que quedarse en Minas Tirith en la Batalla Final por no encontrarse aún totalmente recuperado. 

A su regreso a la Comarca luchó en la Batalla de Delagua y se convirtió en un héroe entre los hobbits. Junto con Pippin llegó a ser el hobbit más alto de la historia, debido al brebaje que les dio Bárbol en Fangorn. Sucedió a su padre como Señor de Los Gamos, y tras la partida en los barcos pasó sus últimos años con Pippin en Rohan y Gondor, donde fue enterrado con todos los honores en la Sala de los Reyes.